La construcción del templo comienza en el siglo XV, aunque contará con diversas obras y restauraciones durante los siglos XVI y XVII. Así, la ​espadaña,​ con sus polícromos azulejos, decoración puesta de moda en la ciudad desde las obras de Hernán Ruiz II en la Anunciación y la Giralda, es de la última década del XVI. El interior de la iglesia es ya obra sobre todo del siglo XVII.
Oculto a los visitantes, en ese interior destacan los cinco retablos realizados por uno de los artesanos más talentosos del siglo XVII andaluz, Juan ​Martínez Montañés, en cuya decoración hacen tallar el escultor y sus seguidores no pocos elementos vegetales; entre ellos destacan los lirios que emergen del pecho de los padres de la Virgen en el ático del retablo de la Inmaculada, unos tallos que terminan con la imagen de María emergiendo de la flor, a modo casi de un Buda surgiendo del loto.
Anexa a la iglesia estaba la sala "De Profundis”, cerca también de la zona de huertas donde por lo demás estaba el ​cementerio del convento. No obstante, la iglesia se encuentra inserta en un espacio rodeado de los espacios verdes que suponen esa antigua zona de huertas de las monjas, el claustro y los jardines de la Torre de Don Fadrique y del compás del convento.